L'associazione nasce nel 1985 al primo evento EGEE a Parigi con un'assemblea di studenti di Leida, Londra, Madrid, Milano, Monaco e Parigi, organizzata dal fondatore Franck Biancheri.

Nell'ottobre 1986 si formano tre gruppi di lavoro di EGEE: Sponsoring, Traineeships (Formazione), e Language Study (Studi linguistici). All'inizio dell'anno accademico EGEE-Europe conta 26 sedi e 6000 membri.

Nel novembre 1986 ad Heidelberg si tiene una conferenza sulle relazioni tra Estremo Oriente ed Europa. A Tolosa c'è il 'First European Space Weekend'.

Nel dicembre 1986 si tiene a Parigi una conferenza sull'industria farmaceutica in Europa e a Monaco una conferenza sul sistema monetario europeo.

Nel 1987 EGEE-Europe ottiene un importante risultato convincendo a sostenere il finanziamento del progetto Erasmus, un programma di scambio studentesco finanziato dalla Commissione Europea.

Nel 1988 l'associazione cambia nome da EGEE ad AEGEE.

Nel 1989 cade il Muro di Berlino; nell'Agora di Salerno si decide di "aprire all'Est". AEGEE è una delle prime organizzazioni europee ad espandersi oltre la Cortina di Ferro nell'Europa orientale.

Nel 1990 il nuovo logo di AEGEE: "la tua chiave per l'Europa".

Nel maggio 1990 viene fondato a Parigi il gruppo Les Anciens d'AEGEE durante il sesto meeting EGEE.

Nel 1995 l'ufficio centrale dell'organizzazione si trasferisce a Bruxelles. Ankara, insieme ad altre città turche, è accolta nel network.

Nel 1998 AEGEE organizza la prima visita a Cipro; AEGEE-Magusa (Famagosta) si unirà all'associazione nel 2001. Nel PM di Cagliari e successivamente nell' Agora di Amburgo si pongono le basi per una collaborazione tra le due parti dell'isola di Cipro.

Nell'aprile 1999 viene fondata AEGEE-Academy all'AGORA di Barcellona, preparata dalla European School di Gießen. Questo Human Resources Working Group (Gruppo di lavoro Risorse Umane) sottolinea la vocazione di AEGEE per gli eventi riguardanti la formazione.

Nel 2000 parte 'Education for Democracy': il nuovo programma di borse di studio che consente agli studenti del Kosovo, distrutto dalla guerra, di studiare all'estero. Nello stesso anno, membri di AEGEE-Belgrado sono in prima fila quando in autunno cade la dittatura di Slobodan Miloševic.

Nel 2001 e 2002 AEGEE organizza diversi progetti riguardanti la pace e la stabilità nel Europa sud-orientale e nella regione del Mediterraneo.

Nel 2003 il primo viaggio di studio di AEGEE nel Caucaso. AEGEE-Europe organizza la prima conferenza internazionale studentesca nella zona neutra di Cipro.